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Para começar encontre a a seguinte linha no seu arquivo de comentários (deve ser o comments.php ou comments-popup.php)

<?php foreach ($comments as $comment) : ?>

<li id=”comment-<?php comment_ID() ?>”>

A seguir basta alterares a tag <li> para o seguinte:

<li id=”comment-<?php comment_ID() ?>”<?php if ($comment->user_id == get_the_author_ID()) echo ‘ class=”mycomment”‘; ?>>

O onde diz mycomment coloque a classe CSS que você quiser para o comentário do autor, e no seu arquivo css, personalize essa classe como quiser que apareçam seus comentários.